Después de pasar un año en el campeonato de ascenso del Fútbol Profesional Colombiano, Boyacá Chicó recuperó la categoría y el próximo año jugará nuevamente en la primera división, a donde llegó por primera vez en el año 2004.

El cuadro dirigido por John Jaime Gómez derrotó 1-0 al Cortuluá en el estadio La Independencia de Tunja, resultados que, sumado al 0-0 obtenido en el juego de ida en el corazón del Valle, le entregó el tiquete para acompañar al Deportivo Pereira en una nueva travesía por la A.

El único tanto del cuadro ajedrezado llegó a los 56 minutos del juego, luego de un fuerte remate desde fuera del área de Juan Vela, quien dejó sin ninguna opción al portero Manuel Arias, que solo pudo sacar el balón del fondo de la portería.

Aunque el cuadro vallecaucano intentó llegar a la anotación, la expulsión de Duván Viáfara arrancando el segundo tiempo le costó caro al equipo dirigido por Mayer Candelo, que al final no pudo celebrar su primer gran logro como estratega, tras dejar los guayos en la temporada anterior.

El cuadro boyacense obtuvo su primer ascenso en el año 2003, cuando derrotó en la final de la primera B a Pumas de Casanare, cuando todavía el equipo jugaba en Bogotá y se convertiría en el siguiente año en el tercer elenco de la capital del país, junto a Millonarios y Santa Fe.

Posteriormente, para el año 2005, el equipo se trasladó para la ciudad de Tunja, tras no encontrar un respaldo económico fuerte en la principal ciudad del país y desde allí continuó con su trayectoria en el torneo de primera, donde fue campeón en el año 2008, frente al América de Cali.

El cuadro ajedrezado jugó la Copa Libertadores de América de 2009, donde no avanzó de la fase de grupos, en la que tuvo de rivales al Gremio de Brasil, la Universidad de Chile y el Aurora de Bolivia. De allí, también consiguió una final de la Copa Colombia en 2011, donde perdió frente a Millonarios.

Para el año 2016 volvió nuevamente a la segunda categoría, tras una mala racha de resultados deportivos. Sin embargo, en 2017 salió campeón del ascenso y consiguió nuevamente un cupo para jugar en 2018 en primera, que se convirtió en un paso fugaz, porque descendió a final de año.

Es esta oportunidad, un año después de haber perdido la categoría por segunda vez, el cuadro de Boyacá regresará a la máxima categoría del Fútbol Profesional Colombiano.