La Procuraduría General de la Nación archivó la investigación disciplinaria que por bajar las tarifas de Transmilenio tenía abierta contra Gustavo Petro, esto al determinar que la decisión que tomó como Alcalde de Bogotá estaba acorde con los fines que tiene el Estado. 

El proceso también fue cerrado para los exgerentes de Transmilenio Fernando Rey Valderrama, María Constanza García Aliscastro, Fernando Sanclemente; así como para Libardo Yanot Márquez, exsubgerente económico de Transmilenio; Ana Lucía Flechas, exsecretaria Distrital de Movilidad; Ricardo Bonilla, exsecretario de Hacienda y Gerardo Ardila Calderón, exsecretario Distrital de Planeación. 

Dicho proceso inició a finales del 2012, luego de que la Contraloría Distrital considerara que la medida de bajar las tarifas de dicho transporte habría generado un detrimento de 64 mil millones de pesos, entre agosto y noviembre del mismo año. 

Mediante decreto, Petro autorizó un sistema diferencial de tarifas en el que se cobraba un precio más bajo por el valor del tiquete en horas de baja afluencia de pasajeros, que denominó horas valle, mientras que en las horas pico se cobraba el valor total del pasaje. 

Este proceso en la Contraloría motivó al Ministerio Público a abrir investigación disciplinaria al entonces alcalde Mayor de Bogotá, y los funcionarios antes mencionados. 

Sin embargo, luego del análisis de la información el ente de control no encontró irregularidades en las actuaciones de ninguno de los funcionarios. 

"No se advierte que la disminución de las tarifas del Sistema Integrado de Transporte Público tuviera una finalidad contraria al interés público ni que vaya en contravía de normas de nuestro ordenamiento jurídico, por el contrario, se reitera, estaba dirigido al cumplimiento de los fines del Estado", expresó la Procuraduría en su fallo.