Jake descubre pistas de un misterio que abarca diferentes mundos y épocas, encuentra un refugio secreto conocido como la Casa de Miss Peregrine para los Niños Peculiares.

A medida que conoce a los residentes y aprende acerca de sus habilidades inusuales, Jake se da cuenta de que la seguridad es una ilusión, y que el peligro acecha en la forma de poderosos y ocultos enemigos. Jake debe descubrir quién es realmente.